La région d'Iquitos a un climat chaud et humide dans toute la majeure partie de l'année, avec des précipitations abondantes entre novembre et avril.

La température moyenne est de 26ºC, bien qu'elle puisse atteindre 36ºC. Iquitos est accessible par avion. Il y a des vols quotidiens de Lima (1 heure 45 minutes) et d'autres vols moins fréquents de Tarapoto (50 minutes), de Pucallpa (1 heure) et de Yurimaguas (40 minutes).

Iquitos peut également être atteint par le fleuve de Nauta (sur le fleuve d'Amazone), Yurimaguas (sur le fleuve de Huallaga), Requena, Contamaná et Pucallpa (sur le fleuve d'Ucayali), Leticia (Colombie) et Tabatinga et Manaus (Brésil).