Los Jesuitas fundaron Iquitos en 1757 bajo el nombre de San Pablo de los Napeanos. Fue el primer puerto del Río Amazonas. Como en el caso de muchas otras ciudades fundadas en la Región durante el siglo XVIII, Iquitos fue el punto desde el cual los evengelistas comenzaron a predicar su religión a la gente nativa del área.

Hasta aproximadamente 1870, la población de la ciudad fue menor a 2,000 habitantes. Sin embargo, en solamente 10 años, Iquitos excedió los 10,000 habitantes. En 1880, cientos de personas emigraron a este lugar, atraídos por el auge del caucho. Al inicio del siglo XX, la ciudad y el puerto del río se hicieron conocidos en mercados internacionales, lo que fomentó la incorporación de un gran número de compañías extranjeras, así como también la presencia de españoles, italianos, portugueses y alemanes. La opulencia de aquellos días es todavía perceptible en algunos de los edificios de la ciudad.

En 1971, la explotación del petróleo comenzó junto con otros proyectos para el uso de los recursos de los bosques. Rodeada por los mejor preservados bosques debido a su aislamiento geográfico, La Región Iquitos muestra características inherentes al ecosistema y grupos nativos que, en contacto con la civilización, viven principalmente en las riberas de los ríos Amazonas, Napo, Ucayali, Marañón y Nanay.

Esta parte de la región Amazónica Peruana es hogar de uno de los más grandes sistemas hidrográficos del mundo, la Cuenca Amazónica que comienza en la cadena de montañas de los Andes (Arequipa) donde el Río Amazonas nace, el río más caudaloso del mundo. Está formado por la confluencia de los ríos Ucayali y Marañón., cerca de la ciudad de Nauta.